除新竹靖廬（現稱新竹收容所）外，台灣還有宜蘭、南投與台北等收容所。過去大陸客偷渡來台最多的時期，新竹與宜蘭靖廬都曾經收容上千人。
對於遣返偷渡客，台灣是依照《金門協議》遣返偷渡客。費用的支出方面，大陸籍偷渡客的遣送由國家編列預算支付，在收容期間伙食費用由我方支付；合法申請來台探親逾期或觀光跳機之大陸人士，需自行支付伙食費和遣送費用。
外籍人士的遣送、伙食費用是由本人支付，但常有外籍移工被抓或自首，身上往往沒有帶太多錢，又台灣政府規定外籍人士收容不能逾15天，基於相關規定，這部分的費用由專勤隊或收容所報就業安定基金支付。通常每名外籍勞工被收容後產生的費用有逃逸三個月以上，最高罰外勞新台幣一萬元，收容期間伙食費、遣送的機票費用，全部約二萬元左右。
也曾經發生過外籍人士在收容期間過世的案例，南投所有因車禍過世者，由家屬來台將骨灰帶回。一名退休警官說，在警政署時期，他經手辦理二名心肌梗塞送醫仍不治的偷渡犯，這二名均由檢察官調查確定無人為疏忽，並由大陸家屬來台會同解剖驗屍，確認無他殺嫌疑後將骨灰帶回，沒有要求帶全屍返回大陸者，其衍生的費用與手續皆相當可觀。
小 靈 通 金門協議
因台灣於1990年遣返大陸偷渡客，連續發生兩次意外，造成數十人死亡，兩岸紅十字會乃於1990年9月簽署《金門協議》，商談遣返事宜。遣返原則應確保遣返作業符合人道精神與安全便利的原則。遣返對象包含違反有關規定進入對方地區的居民（不包含因捕魚作業遭遇緊急避風等不可抗力因素必須暫入對方地區者），以及刑事嫌疑犯或刑事犯。